1、先天性肝囊肿绝大部分都不需要处理，只需要定期观察。一部分生长较快、囊肿较大、伴发感染、出现症状者需要处理。
2、小一点的囊肿通过穿刺注入无水酒精、破坏囊肿上皮细胞，使其不再产生水，囊肿也就不会长大了。
3、大的囊肿可通过微创手术（腹腔镜）在囊肿上开一个口子，让水引流至腹腔，水就可以吸收了。
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